コントロールパネルにWebFTPというWeb上からファイルを管理できる仕組みがあります。ファイルの削除を更新、編集など非常に便利な機能です。しかしながら、XdomainのWebFTPで大量のファイルを削除、例えばWordpressのフォルダ全体を削除するなどの操作を行うと、WebFTPが応答がなくなります（Internal Server Errorが発生します）。
他のレンタルサーバーでは、コントロールパネルのファイルマネージャーから消した方が早い場合が多いのですが、Xdomain無料サーバーの場合は、FTPクライアントで接続して削除した方がよさそうです。